Michael Scofield ist der Bruder von Lincoln Burows. Lincoln sitzt in der Todeszelle der Fox River Strafanstalt, da er wegen des Mordes an Terrence Steadman, dem Bruder der Vizepräsidentin, verurteilt wurde. Ein schwerer Schlag für Michael, denn Lincoln ist sein einziger Bruder, den er über alles liebt. Obwohl Michael in der Vergangenheit oft von seinem Bruder enttäuscht wurde, glaubt er an Lincolns Unschuld und versucht alles um ihn zu befreien.

Michael erkennt schnell, dass es zu viel Zeit in Anspruch nehmen würde Beweise, die für Lincolns Unschuld sprechen, zu sammeln und entschließt sich deshalb sich inhaftieren zu lassen und zusammen mit seinem Bruder aus dem Gefängnis auszubrechen.

Michael ist Bauingenieur und war am Umbau der Fox River State Strafanstalt beteiligt. Er beschafft sich die Baupläne des Gefängnisses und beginnt Artikel, die mit dem Fall seines Bruders zu tun haben zu sammeln und sich über die Gefangenen von Fox River zu informieren. Um auch im Gefängnis, wo er keinen Zugang zu den Bauplänen haben wird, zu profitieren, lässt er sich diese auf seinen gesamten Körper tätowieren.

Nachdem Michael in wochenlanger Arbeit den gesamten Ausbruch geplant hat, überfällt er eine Bank und lässt sich von der Polizei festnehmen. Er wird daraufhin zu 5 Jahren Haft in der Fox Strafanstalt verurteilt.